琥珀这种天然宝石确切的形成年代虽然现在还是未知的，然而可以确定的是，琥珀的形成来源于原始森林里天然植被的树脂，这些天然植被多覆盖于斯堪的纳维亚国家和波罗的海北部的区域（在那个时代曾是陆地）。早在古新时代，比今天温暖的气候为多种不同树木茂密地生长提供了合适的气候条件，针叶林，阔叶乔木，棕榈树和苏铁西米，或者只是西谷椰子，都可以一起成长。我们不知道能形成树脂化石的这个种类树的具体名字，很有可能是来自松树种群的针叶树。
这种树为什么能大量分泌树脂的原因也是未知的，其中最有可能的一种假设是， 与发生在古新时代末和始新时代初越来越频繁的火山活动有关。根据这一理论，,波兰植物学家– Hanna Czeczot教授提出, 落在树枝上的粘性火山灰，可能是树木这样大量分泌树脂的原因。
这种黏性树脂多从树表被昆虫叮咬或者受伤的伤口里流出，沿着表皮往下流然后聚集在树皮下，填满了树干和树根上的裂缝。截至目前已经发现过很多树皮和树纤维依然被完好地保留在很多的琥珀原石块里。
有时候，这种未凝固的黏性树脂常常会诱惑并且困住一些昆虫例如蝎子和一些小型爬行动物，也有一些植被的碎屑、水滴、 和气泡 也沉没在了这种黏性树脂里。这些被困在琥珀原石块里的动植物被称为内含物，用一种独一无二的方式给我们提供了多种可能性去观察和探究几百万年前世界的真实面目。
在出产琥珀的森林里，即使树木因为自然灾害疾病而凋落或者自然死去，已经硬化的树脂依然会保留在树干上，被几层纹理覆盖，并开始非常缓慢的分解。一段时间后，这种树脂会保留在遗留物的浅层里，并在这里开始形成波罗的海琥珀 。
在晚新世界， 约三千多万年以前，树干上那些包裹着硬化树脂的残留物在河流的侵蚀作用下被河水冲刷出来。在该地区的北部（现今的波罗的海地区），曾经可能是一个坐落在Eridan河流中轴线上的巨大山谷，而Eridan河则是由波兰琥珀研究者- Barbara Kosmowska-Ceranowicz教授提出的一条假设性的河流。
在Eridan河水的冲刷和沉淀作用下，南方始新世纪海洋的浅海湾地区会出现河流三角洲， 裹杂着碎岩石的琥珀顺着南流的河水被带到三角洲地区。这些遗留物还被称作“蓝色的沃土”，其中最主要的物质就是海绿石，一种典型的海上遗留物多蓝色或绿色。
在接下来的几百万年中, 直到更新世纪初,琥珀承土层依然被其他的遗留物覆盖着。一百多万年前的冰川世纪, 在一系列冰川活动周期中的第一次，由于被冰层覆盖的斯卡迪纳维亚半岛在同一时期内前后的移动，一些琥珀也被带到并散落分布在今天的波兰。其中大部分依然未被开采的琥珀分布在波罗的海的南海岸线附近，成为现今波罗的海琥珀的主要来源。
